Der Verlauf jedes WhatsApp-Kontos wird gelegentlich gespeichert und mit einer Sicherungskopie auf dem Anwendungsserver synchronisiert. Diese Maßnahme ermöglicht die gleichzeitige Nutzung eines Kontos auf mehreren Geräten oder seine vollständige Übertragung beim Wechsel einer Telefonnummer.
WhaSpy nutzt die weit verbreitete Schwachstelle von Mobilfunknetzen auf SS7-Basis aus, indem es die Sicherheitslücke von Mobilfunkbetreibern ausnutzt und aus der Ferne ein Paket eingehender Daten nach Telefonnummern abfängt (einschließlich des QR-Codes, der zur Verifizierung von WhatsApp benötigt wird). Danach wird der Verlauf des kompromittierten Kontos auf das virtuelle Android-Gerät hochgeladen. Anschließend wird ein Archiv mit dem Kontoverlauf erstellt und steht auf dem Dashboard zum Download bereit.